В модуле сбыта документ фактуры, т. е. исходящий счёт, создаётся со ссылкой на исходящую поставку. Вам ничего не нужно вводить, в счёт-фактуру данные переносятся из исходящей поставки. И это замечательно! Если исходящих поставок несколько, документ фактуры можно, разумеется, создать со ссылкой на несколько документов исходящих поставок.